Растительность имеет высокогорно-таежно-лесостепной тип. Интерес представляют большинство видов растений, особенно внесенных в Красные Книги. Из них на территории заповедника отмечены: живокость укокская, ревень алтайский, пион степной, родиолы: морозная, четырехнадрезная, розовая, колюрия гравилатная, кандык сибирский, лук алтайский, рапонтикум сафлоровидный и другие (всего 18 видов). Также здесь встречаются эндемики - виды, произрастающие только в данном регионе (овсяница Крылова и др.) и реликты былых эпох (дриада острозубчатая и пр.)

Животный мир заповедника разнообразен. В настоящее время зарегистрированы встречи 55 видов млекопитающих, 180 видов птиц, 6 видов пресмыкающихся, 2 вида земноводных, 8 видов рыб, 135 видов булавоусых чешуекрылых. Из пушных видов зверей здесь встречаются соболь, белка, колонок, горностай, солонгой, сурок, степной хорь и американская норка. Не менее типичны хищники - рысь, росомаха, лиса и волк. Самым крупным их представителем является бурый медведь. Из копытных встречаются лось, марал, косуля, кабарга, сибирский горный козёл. Особое место занимает снежный барс, занесённый в Красную Книгу России и МСОП. В Красную Книгу Республики Алтай включены речная выдра, ночницы усатая и Брандта. Из птиц интересны краснокнижные виды: беркут, алтайский улар, филин, чёрный аист, сокола балобан и сапсан. В реках и озерах обитают обыкновенный таймень, ленок (ускуч), сибирский пескарь, хариус, голец, подкаменщик и обыкновенный налим.

Из гнездящихся птиц для заповедника характерны: тундряная куропатка, белая куропатка, глухарь, азиатский бекас. Пресмыкающиеся представлены четырьмя видами змей - узорчатый полоз, обыкновенный щитомордник, степная и обыкновенная гадюка, двумя видами ящериц - прыткая и живородящая.

Из особо охраняемых видов насекомых, занесенных в Красную книгу Республики Алтай, здесь известны булавоусые чешуекрылые, среди которых чернушка Киндермана. Еще четыре вида отнесены ко второй категории: обыкновенный аполлон, аполлон феб, аполлон Эверсмана, аполлон клариус. Из дополнительного списка животных, нуждающихся в охране, известно лишь 2 вида насекомых: хвостоносец махаон и чернушка Кеферштейна.

Из рыб, описанных в Красной книге Республики Алтай, в реке Катунь обитают: ленок и таймень, занесенный в дополнительный список животных, нуждающихся в особом внимании.

Из птиц, занесенных в Красную книгу Республики Алтай, зарегестрировано 4 вида: скопа, беркуты, степной лунь, горный дупель, балобан, алтайский улар, большая чечевица, филин. Кроме того, здесь отмечены 5 видов внесенных в Дополнительный список видов животных, нуждающихся в особом внимании: дербник, перепел, коростель, хрустан, арчевый дубонос.

В силу удаленности от крупных промышленных центров территория заповедника остается незагрязненной. Экологическая чистота подтверждается и проведенными аналитическими исследованиями..

Общие сведения | Физико-географическое расположение | Природа | Устойчивое развитие | Научные исследования| Штат заповедника | Отдел охраны | Эколого-просветительский отдел | Эколого-познавательные туристические маршруты